Chụp sọ não: Để phát hiện các bệnh u não, u dây thần kinh sọ não, tai biến mạch máu não, chảy máu não nhồi máu não, dị dạng mạch máu não, chấn thương sọ não, động kinh, bệnh lý thoái hóa chất trắng, bệnh lý viêm não, màng não, các dị tật bẩm sinh của não,…
Chụp hốc mắt: Để phát hiện các tổn thương thuộc nhãn cầu, dây thần kinh thị giác,…
Chụp vùng cổ: Để phát hiện các bệnh lý tổn thương như các khối u, viêm, hạch bạch huyết vùng cổ. Đặc biệt cộng hưởng từ vùng cổ phát hiện sớm, chẩn đoán chính xác tổn thương ở đám rối thần kinh cánh tay.
Chụp cột sống: Chụp cộng hưởng từ chẩn đoán chính xác các bệnh lý cột sống, đĩa đệm, dây chằng như thoái hóa, thoát vị đĩa đệm, gãy lún đốt sống, viêm nhiễm đĩa đệm và phần mềm cạnh sống. Các bệnh lý tủy sống như viêm, u tủy sống, chấn thương,…
Chụp vùng bụng – chậu: Để phát hiện các bệnh lý gan, đường mật như u gan, u đường mật, sỏi mật,… Các bệnh lý tuyến tụy, lá lách, thận, tuyến thượng thận. Các bệnh lý vùng tiểu khung như ung thư đại trực tràng, ung thư tiền liệt tuyến, u tử cung, sa âm đạo, các khối U buồng trứng. Đặc biệt đánh giá chính xác giai đoạn của ung thư nội mạc tử cung, ung thư cổ tử cung, ung thư tiền liệt tuyến,…
Chụp hệ cơ xương khớp: Chụp cộng hưởng từ cho hình ảnh rõ nét các cấu trúc ổ khớp, sụn khớp, xương, gân cơ và dây chằng. Phát hiện ngay từ giai đoạn sớm của bệnh lý như viêm nhiễm, thoái hóa, chấn thương rách dây chằng, tràn dịch ổ khớp.
MRI tuyến vú cho chẩn đoán sớm và chính xác các tổn thương ở tuyến vú như u lành tính, ác tính và các viêm nhiễm tại tuyến vú.
Chụp cộng hưởng từ là một trong những phương pháp có giá trị cao trong chẩn đoán bất thường thai nhi, các dị tật bẩm sinh phức tạp của thai nhi. Các bác sĩ thường cho chỉ định trong các trường hợp khó khăn khi thăm khám bằng siêu âm như mẹ bầu bị béo phì, thai thiểu ối, vô ối, đánh giá các cử động của thai.
Chụp cộng hưởng từ còn được dùng để chẩn đoán trong các bệnh lý tim, mạch máu như: nhồi máu cơ tim, hẹp tắc mạch máu, bệnh lý hệ bạch huyết,…